常陸国総社宮は常陸国の神々をお祀りしています。国学者・本居宣長が主著『古事記伝』に述べるように「神」とは海川山野に宿る霊など、人間には理解しがたい力を持つあらゆる存在を指します。常陸国の神々とは『常陸国風土記』に記された常陸国の豊かなる自然そのものと言えるかもしれません。
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江戸時代に祭神の再考証が行われ、現在では特に以下の六柱の神々を称え、境内の十二末社には特に著名な神々を個別にお祀りしています。